Les cours d'eau, les zones en eau ou humides (étangs, plaines alluviales, lacs, mares temporaires, marais, tourbières ….) et les eaux côtières constituent des écosystèmes aquatiques. Le milieu aquatique est notamment caractérisé par des habitats, des populations végétales, des populations animales, une qualité physico-chimique (température, nutriments, ...).